Владычная (Никольская) слобода, где была построена Никольская церковь, – селение близ Вологды на левом берегу реки, со временем ставшее частью города. В документах слобода упоминается с XVII в., но появилась значительно раньше. Название «Владычная» получила оттого, что до 1649 г. принадлежала Вологодскому архиерейскому дому (владыке). Существует мнение, что право собственности на слободу архиерейский дом потерял еще в начале XVII в. Краевед Н.В.Фалин высказал предположение, что вологодские архиереи, издавна имевшие владения около Вологды, получили это селение взамен переданных городу земель в Нижнем посаде. Второе название – «Никольская» – слобода получила по церкви Николая Чудотворца.
Во время Вологодского разорения 1612 г. слобода была сожжена, многих ее жителей убили. В челобитной архиепископу Сильвестру жители слободы писали, что «достальные хрестьянишка ушли на Тотьму душею и телом», где «воры и литовские люди» их «и достоль разорили и пограбили», после чего они опять вернулись к своим пепелищам: «приволоклися к Вологде, а пристали в городе по чужим подворьишкам на время». Тогда же, скорее всего, пострадали и слободские церкви, однако к середине XVII в. они уже были отстроены. В переписной книге Вологды 1646 г. храмы Владычной Никольской слободы описаны так: «…церковь архидьякона Стефана да Прокопия, Устюжского чудотворца, древяна вверх шатровая о дву верхах, другая церковь Николы Чудотворца древяна клетцки».
В учетно-охранной документации на памятник истории и культуры строительство каменного Никольского храма во Владычной слободе датируется 1669 г. Эта дата приводится историком-краеведом Н.И.Суворовым, однако исследователь не уточняет, к чему она относится: к прошению прихожан построить новую церковь или к ее освящению. Протопоп Стефан Иоаннов называет датами строительства и освящения храма 1671 и 1688 г.: «Церковь каменная Живоначальной Троицы с приделом святаго Прокопия Устюжского, а внизу теплая Николая Чудотворца с приделом святаго архидиакона Стефана, зачата строить на место деревянной в 7179, а окончена и освящена в 7196 году» (ВГИАХМЗ. Ф.2. Оп.1. Д.73. Л.121об.). Таким образом, Никольская церковь во Владычной слободе принадлежит к числу старейших из сохранившихся приходских каменных церквей Вологды.
Среди прихожан церкви Николы во Владычной слободе был Иван Слободской, известный исторической науке как автор «Вологодского летописца», важного письменного источника по истории древней Вологды, созданного в начале XVIII в. и включившего в себя события местной истории с 1341 по 1676 г.
В Никольской церкви в начале ХХ в. было шесть престолов: в честь Живоначальной Троицы (главный), иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость», Прокопия Устюжского, Тихвинской иконы Божией Матери – в верхнем храме; святого апостола первомученика архидиакона Стефана и Николая Чудотворца – в нижнем теплом храме.
После закрытия храма весной 1930 г. в его здании первоначально организовали пересыльную тюрьму для крестьян-кулаков, высланных из средней и южной частей СССР, затем здесь располагались завод игрушек и мастерские артели «Утилизатор», позже – общежитие, фабрика валяной обуви. Здание было лишено глав, частично перепланировано, разделено на этажи и получило пристройки, было почти полностью утрачено оформление интерьеров.
В 1996 г. в церкви были возобновлены богослужения. 9 сентября 1998 г. по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II были обретены мощи святителя Антония, епископа Вологодского и Великопермского (управлял епархией в 1585–1587 гг.), и 26 сентября торжественно перенесены из Софийского собора в храм Святителя Николая во Владычной слободе.
Ныне при храме действует МПРО ПХ святителя Николая во Владычной слободе г.Вологды РПЦ МП, имеется воскресная школа, центр социальной помощи. Контактные телефоны: 54-51-50, 54-51-98.
Храм открыт ежедневно с 8.00 до 17.00 или с 7.00 до 19.00 (в дни с утренним и вечерним богослужением). Среди чтимых святынь - мощи святителя Антония Вологодского, икона с частицей мощей св. Николая Чудотворца, икона с частицей мощей прп.Александра Свирского.
Каменный Никольский храм построен двухъярусным. Куб двустолпного холодного храма по традиции завершен на каждом фасаде тремя кокошниками и увенчан пятиглавием. Крупные луковичные главы помещены на барабаны, декорированные аркатурным поясом. В эпоху расцвета стиля, называемого «московским узорочьем», украшение Владыченского храма выглядит скромным и подчеркнуто традиционным (Белоярская, с.206). Стены нижнего теплого храма, две апсиды которого далеко выступают на восток, почти не имеют декора. Плоскости стен по вертикали разделяют лопатки с нишками, имеющие в верхней части храма вид пучков из трех полуколонок. Окна и входы обрамлены наличниками и порталами нескольких рисунков. Традиционалистский внешний вид храма не отражает интересную новаторскую особенность конструкции интерьера – опору сводов и барабанов глав на два столпа. Двустолпные храмы сооружались в России в XVI–XVII вв. нечасто, преимущественно в Москве и на Северо-Востоке Руси. В Вологде такую конструкцию получили надвратная церковь Спасо-Прилуцкого монастыря (1588–1590), а также большие пятиглавые церкви XVII в. в Дюдиковой пустыни (утрачена) и во Фрязинове.
В XVIII в. были перестроены алтарь, трапезная и высокая ярусная колокольня. Среди колоколен этого типа, строившихся в Вологде, владыченская отличается стройностью силуэта и богатством декора. В 1793 г. интерьер храма был украшен частично сохранившейся доныне лепкой барочных форм. Иконостас церкви описан в «Известиях Императорской археологической комиссии»: «Главный иконостас пятиярусный, с резьбой, колоннами и пилястрами, один из лучших в Вологде; местами позолочен. На вызолоченных Царских вратах вырезаны изображения Рождества Христова и поклонения волхвов. Иконостас малого придела древний, одноярусный, с колоннами и пилястрами» (ИИАК, с. 134).