Благодаря вкладам Фетиева, церковь стала одной из самых богатых в Вологде. В значительной мере именно поэтому она подвергалась частым перестройкам и поновлениям. Вероятно, во второй половине XVIII в. вместо шатров на церкви соорудили барочное двухъярусное завершение, на купольной кровле которого была установлена луковичная главка. В 1787 г. четверик и купол церкви были покрыты железом. В середине XIX в. вместо крыльца с запада к церковному зданию сделали объемную двухэтажную пристройку в стиле позднего классицизма. Тогда же храм был расписан. Перестройка и роспись церкви проходили под руководством и на средства церковного старосты Захарова, которым были допущены серьезные нарушения (Малиновский, с.21–29). Как отмечал искусствовед Г.К.Лукомский, в результате «весь характер живописи» оказался «настолько необычен, настолько не согласовывался с понятием о религиозных изображениях, что приводил богомольцев в смущение». В 1856 г. специальная комиссия духовной консистории обследовала росписи, но, сделав замечания, посчитала возможным их оставить. Во время ремонта в 1870 г. росписи закрасили. Позднее церковь была снова расписана.  В результате видевший храм в 1913 г. Г.К.Лукомский констатировал: «Теплая Владимирская церковь (Гавриило-Архангельский храм) в нынешнем состоянии … мало напоминает архитектуру времени ее построения (1689 г.). Лишь закомары этой древнейшей части указывают на XVII век. Вероятно, красива была прежде эта церковка – небольшая, с наружным крылечком, с двумя шатрами и колокольнею близ нее. Самовольно и бесконтрольно произведенные достройки и перестройки совершенно изменили вид церкви».