Здание бывшей церковно-приходской школы при Пятницкой Параскевинской церкви расположено на перекрестке современных улиц Водников (до 1920 года улица называлась Мироносицкая) и Энгельса (до  1923 года улица носила название Семеновской, с 1923 по 1937 год ­– Плеханова), что определяет его важное градостроительное значение.

Согласно охранно-учетной документации, второй половиной  XIX века здание датируется на основании постройки в это же время (в 1873­–1876 годах) нового каменного здания Пятницкой церкви (располагается по современному адресу: ул. Энгельса, 29). Изначально здание располагалось на одном участке с церковью. Однако Галина Николаевна Чебыкина, автор издания «Великий Устюг: летописная книга XII – нач. XXI века», приводит более точную дату открытия учебного заведения: октябрь 1887 года.

Согласно информации об истории МБОУ «Средняя общеобразовательная школа № 9», размещенной на сайте учреждения,  Пятницкая церковно-приходская школа была одноклассной, в ней преподавал один учитель, обучались 34 мальчика, девочек не было.

В начале XX века еще до принятия «Декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви» наступают перемены в системе образования. В 1917–1918 годах идет массовый процесс передачи церковно-приходских школ Министерству народного просвещения, а затем сменившему его Народному комиссариату по просвещению. В ноябре 1917 году прекращается государственное финансирование духовных учебных заведений.

Не обошёл стороной этот процесс и Великий Устюг, где в первые годы советской власти на базе нескольких школ (Пятницкой церковно-приходской школы, школы 1-й ступени с двумя классами по адресу ул. Пушкариха, 14,  2-классной  школы по адресу ул. Водников, 16) была открыта  первая советская семилетняя школа в городе. Она разместилась в зданиях по улицам Водников, Пушкарихе и Советскому проспекту.

Согласно охранно-учетной документации, во второй половине XX века в здании размещался детский сад №21.

В 1993 году постановлением Администрации Вологодской области от 19 ноября 1993 года №623 «О постановке под госохрану памятников истории и архитектуры г. Великий Устюг» здание бывшей церковно-приходской школы признано объектом культурного наследия регионального значения.

В 2018 году приказом Комитета по охране объектов культурного наследия Вологодской области от 12 марта 2018 года №130-О утверждено охранное обязательство собственника или иного законного владельца ОКН «Церковно-приходская школа, II пол. XIX в.»

В 2019 году приложением № 7 к приказу Комитета по охране объектов культурного наследия Вологодской области от 3 июля 2019 года № 6-О/01-07 «Об утверждении границ территорий объектов культурного наследия, расположенных на территории города Великий Устюг» определены координаты поворотных (характерных) точек границ территории объекта культурного наследия регионального значения «Церковно-приходская школа, II пол. XIX в.», расположенного по адресу: г. Великий Устюг, ул. Водников, д. 39, и режим использования его территории.