Наиболее ранние свидетельства существования храма на месте современной церкви Иоанна Предтечи в Рощенье относятся к 1618 г. Однако, по мнению Н.И.Суворова, с большой долей вероятности ее основание можно отнести ко времени Ивана Грозного (Суворов, с.578, 583). В писцовой книге Вологды 1627/28 г. приведено такое описание: «Церковь Олексия, митрополита Московского, чудотворца, древяна клецки с трапезою, а в церкви Божие милосердие образы, и книги, и ризы, и на колокольнице колокола и всякое церковное строенье приходных людей; у церкви служат два попа – поп Ипатей да поп Гаврило да дьякон Самсон. М[есто] церковное, что была церковь Усекновение честные главы Иванна Предотечи, а церковь згорела в Вологоцкое разоренье. Земли под церковью и около церкви и места церковного в длину 30 с[аженей], попер[ег] тож. Позади церкви Алексея митрополита на архиепискупли земли живут архиепискупли бобыли» (см. список с писцовой книги города Вологды, сделанный в 1629 г., с.115). В переписной книге Вологды 1646 г. на этом месте по-прежнему значатся два храма: «Церковь Алексей митрополита древяна клетцки, другая церковь Усекновения честные глава Ивана Предтечи древяна вверх шатровая».

 

Фигурирующее в названии церкви Рощенье сегодня составляет часть территории Вологды между современной улицей Пушкинской и речным вокзалом. Когда точно появилось это название, неизвестно. В писцовой книге Вологды 1627/28 г. оно уже встречается: «Две лавки церковныя Кирилла чудотворца, что на Рощенье…» (см. список с писцовой книги города Вологды, сделанный в 1629 г., с.154). По мнению историка Н.И.Суворова, здесь некогда находились небольшие березовые рощи, сохранившиеся после разработки земли под поля и луга, откуда, вероятно, и пошло название местности (Суворов, с.579). А.Тарунин дает иное объяснение: «Культ "рощений" (священных рощ) занимал в языческих верованиях наших далеких предков особое место. Здесь славяне молились своим богам и совершали многочисленные культовые обряды».

Каменное здание церкви начали строить в мае 1710 г., после того как сгорел теплый Алексеевский храм. Об этом пожаре свидетельствует отписка из Вологды в Москву казначея Вологодского архиерейского дома к архиепископу Гавриилу: «Государю преосвященному Гавриилу, архиепископу Вологодскому и Белозерскому, богомолец твой казначей иеромонах Аврамий… челом бьет. Нынешнего, государь, [7]200 года [в статье опечатка, нужно  – 7206, т.е. 1698 г. – см.: Писцовые и переписные книги..., т.2, с.33) … майя в 26 день в 12 часу дня в первой четверти была на Вологде волею Божиею великая туча и гром и молния, и от молненнаго запаления згорела церковь теплая на посаде в Рощенье Алексея митрополита; а холодная церковь Иоанна Предтечи трудами православных христиан, Бог спас, цела, не сгорела. А колокольню, государь, подрубя, сломили, для того, что стояла близь церкви. И как та колокольня упала, и в то число чють не убило главой бывшаго твоего архиерейскаго подъяка Никитку Христофорова. А из церкви Божии святые иконы и книги и ризы и всякую церковную утварь вынесли все в целости. А которые, государь, около монастыря дворы, и те дворы отстояли, только, государь, кровли и верхи сломали…» (цит. по: Суворов, с.580). О начале строительства каменной церкви призвана свидетельствовать надпись вязью на северной стене храма в простенке между окнами: «Во славу святыя, единосущныя, живо­творящия и нераздельныя Троицы, Отца и Сына и Святаго Духа, зачата бысть сия святая церковь каменным строением тщанием и радением сея церкви всех приходских людей во имя святаго славнаго Пророка и Предтечи и Крестителя Господня Иоанна и иже во святых отца нашего Алексия, митрополита Московскаго и всея России, чудотворца, на память преподобнаго отца нашего Михаила, епископа Синадскаго, и обретения честных мощей иже во святых отца нашего Леонтия, епископа Ростовскаго чудотворца, лета 1710, маия 23 дня».

 

В рапорте протопопа Стефана Иоаннова указано, что церковь была освящена в 1719 г. (ВГИАХМЗ. Ф.2. Оп.1. Д.73. Л.119об.). Холодный храм соединяется с колокольней приземистым широким теплым храмом (трапезной) с небольшими главками над алтарями приделов. Историк-краевед Н.И.Суворов писал: «Церковь… принадлежала к числу лучших и наиболее достаточных церквей Вологды. О достаточности ея можно заключать, во-первых, по значительному числу бывших при ней приходских дворов (77 дворов), которым она превосходила большую часть тогдашних приходских церквей, равно и количеством платившейся ею ежегодно церковной дани (2 руб. 70 коп.); во‑вторых, по числу членов клира, который в некоторых годах XVII столетия показан состоявшим из двух священников» (Суворов, с.579).

 

В основном холодном храме находился престол в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. В теплом храме было устроено два престола: на северной стороне  –  во имя святителя Алексия, митрополита Московского и всея России, на южной  –  во имя святителя Иннокентия Иркутского. Иннокентиевский престол был сооружен в 1832 г. на средства представителей известного вологодского купеческого рода Свешниковых. Предание гласит, что один из Свешниковых, находившийся в зимнее время по торговым делам в Иркутске, возвращался в Вологду вместе с женой и грудным младенцем. По дороге ребенок случайно выпал из повозки. Через некоторое время Свешниковы обнаружили пропажу и стали горячо молиться святителю Иннокентию Иркутскому о спасении чада. Развернув лошадей, они помчались обратно. Ребенок был найден живым и невредимым… Первоначально Иннокентиевский придел помещался в юго-восточном углу теплой церкви. В 1860 г. на средства купца Мешинникова к теплому храму с южной стороны была сделана каменная пристройка, куда в 1863 г. был перенесен престол Иннокентия Иркутского, освященный 19 января 1864 г. епископом Вологодским и Устюжским Христофором.

 

В 1717 г. церковь Иоанна Предтечи была расписана ярославскими мастерами. Возможно, этими работами руководил знаменщик Фёдор Игнатьев, ученик Димитрия Плеханова. Датировать фрески удалось по надписи в простенке между южной дверью и окном подле правого клироса: «Благословением и благодатию Бога Отца Вседержителя и помощию Единороднаго и Соприсносущнаго Сына Его, Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа и содействием Пресвятаго и Животворящаго Духа начата бысть сия церковь подписываться стенною иконною подписью, 1717 года, месяца июлия во имя святаго и славнаго Пророка и Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, при державе благочестивейшаго и богохранимаго Государя нашего Царя и Великаго Князя Петра Алексеевича, всея Великия и Малыя и Белыя Росии Самодержца и при благоверных царицах и благородных царевичах, при благородном царевиче и Великом Князе Алексие Петровиче…» (Суворов, с.587). Росписи храма относятся к числу памятников поздней русской церковной стенописи, продолжающих традиции XVII столетия, но отражающих уже и веяния эпохи барокко. Фрески основной части храма разделены на шесть поясов. В зените сомкнутого лоткового свода помещено «Отечество», на его лотках – «Символ веры». На стенах расположены композиции, посвященные земной жизни Иисуса Христа и деяниям апостолов, ниже –  сцены из жития Иоанна Предтечи и композиции на тему Акафиста Божией Матери и «Песни Песней». В своде алтаря  –  иллюстрации к молитве «Отче наш». На стенах алтарной части между окнами – более тридцати ликов святых. При поновлении фресок в 1859 г. были введены несвойственные стенной росписи XVIII в. яркие тона. Г.Н.Бочаров и В.П.Выголов в своей книге отмечают: «Стенопись церкви Иоанна Предтечи представляет собой следующий этап в развитии ярославской живописи по сравнению с фресками Софийского собора. Это –  расцвет лубка и графики, когда цвет отошел на второй план. Мастеров, расписавших эту церковь, больше интересует контур, а не красочные соотношения, хотя колорит строится на сочетании коричневых, желтых и белых красок. Какое-то трогательное соединение в этих росписях примитивизма и виртуозности, профессионализма и лубочности, народности создает впечатление непосредственности, искренности, необычности художественного выражения».

 

По свидетельству Н.И.Суворова, в 1851 г. «тщанием и иждивением благотворителя церкви и прихожанина В.А.Леденцова построена каменная красивого рисунка ограда с железными решетками и с двумя на западных ее углах небольшими осьмиугольными башнями», которые сохранялись до конца 1960-х гг.