Точное время появления Нижнедольского храма не установлено. Однако косвенно о его древности свидетельствуют хранившиеся здесь иконы древнего письма; колокола 1601 г. (по данным клировых ведомостей) и остатки Царских врат времен царя Алексея Михайловича, которые в начале XX в. видел Г.К.Лукомский в кладовой храма при его осмотре.
Пояснение «на Нижнем Долу» восходит к старинному названию местности, где стояла церковь, – Нижний Дол (участок между современным мостом 800-летия и Красным мостом).
В писцовой книге Вологды 1627/28 г. мы находим такие сведения: «Церковь преподоб[наго] Григория, Вологодскаго чудотворца, что на Пельшме, – древяна клецки, а в церкви Божие милосердие образы, книги, и ризы, на колокольнице колокола и всякое церковное строение приходных людей. М[есто] церковное, что была церковь Рождества Пречистые Богородицы, а земли под церковью и около церкви и места церковнаго в длину 20 с[ажен], попер[ег] тож, а у церкви служит поп Карп Фомин» (см. список с писцовой книги города Вологды, сделанный в 1629 г., с.122). Очевидно, что речь идет о теплом и холодном храмах одного прихода, из которых один к этому времени по неустановленным причинам уже не существовал. В окладной книге 1691 г. мы вновь обнаруживаем сведения о церкви Рождества Богородицы на Нижнем Долу. Судя по размерам выплачиваемой церковной дани, благосостояние храма в это время было вполне удовлетворительным (Суворов, с.601). Его приход был не из самых бедных: еще в начале XVII в. около храма стояли не только дворы посадских людей, но и несколько дворов крупных торговцев («гостей»), в том числе московских, а по переписной книге Вологды 1711–1712 гг. на Нижнедольском берегу располагался ряд кожевенных заводов.
По данным историка-краеведа Н.И.Суворова, каменное здание церкви было выстроено в 1779 г. после пожара 1773 г., в котором погибло деревянное здание (Суворов, с.646). В учетно-охранной документации этот памятник архитектуры ошибочно датирован концом XIX в.
В связи с тем, что в XIX в. количество прихожан стало сокращаться, в 1864 г. к Богородицкой церкви были причислены воинские чины пехотного резервного батальона, расквартированного в Вологде (Разные известия...,с.72). К началу XX в. в церкви Богородицы на Нижнем Долу было три престола: в холодном храме – главный престол в честь Рождества Пресвятой Богородицы, в левом приделе теплого храма – престол во имя Григория Пельшемского, в правом – во имя Николая Чудотворца.
Храм Рождества Пресвятой Богородицы на Нижнем Долу был закрыт в марте 1930 г. Здание лишили крестов и глав, но не разрушили, как планировалось, а использовали под хозяйственные нужды различных предприятий. К нему были сделаны пристройки, помещения разгорожены, некоторые окна превращены в двери. В июне 2014 г. состоялось учредительное собрание, принявшее решение о создании Богородицкого прихода и было положено начало возрождению храма. Церковь дала название Пречистенской набережной реки Вологды.
