Закладка здания Белозерского духовного училища состоялась в 1899 году. К 1912 году строительство было завершено. Однако история самого училища имеет значительно более глубокие корни. Еще в 1809 году в Белозерске были открыты уездное и приходское духовные училища, которые в 1854 году были слиты в одно Белозерское духовное училище. До постройки специализированного здания училища занятия проходили в наемных домах.

Целый ряд выпускников Белозерского духовного училища достиг значительных высот на поприще служения Церкви и науке. Среди них духовный писатель, первый протопресвитер военного и морского духовенства русской армии А.А.Желобовский; .епископ Ириней (в миру И.И.Боголюбов); известный проповедник и общественный деятель протоиерей Ф.Н.Орнатский; богослов, церковный историк и публицист, профессор Санкт-Петербургской духовной академии А.А.Бронзов; историк Белозерья Н.П.Успенский и др.

Александр Алексеевич Желобовский (1834–1910) – выдающийся деятель РПЦ, член Святейшего Синода, духовный писатель. В 1849 году окончил Белозерское духовное училище, затем – Новгородскую духовную семинарию, а в 1859 году – Санкт-Петербургскую духовную академию с ученой степенью магистра богословия. В том же году был рукоположен во священника, служил полковым священником. В 1873 году возведён в сан протоиерея. В 1880 году назначен благочинным Гвардейского духовенства. В 1882 году стал настоятелем Сергиевского всей артиллерии собора. С 1883 года исполнял обязанности главного священника гвардии и гренадер. В 1888 год был утверждён в должности Главного священника гвардии, гренадер, армии и флота, а в 1890 году стал первым протопресвитером военного и морского духовенства русской армии, оставаясь в этой должности вплоть до своей кончины. В 1905–1910 годы – член Святейшего Синода. В честь А.А.Желобовского на бывшем здании духовного училища, которое было построено при его содействии, установлена мемориальная доска. Его имя носит Белозерский индустриально-педагогический колледж, ныне размещающийся в этом здании.

Философ Николаевич Орнатский (1860–1918) – известный проповедник, духовный сын святого праведного Иоанна Кронштадтского, публицист, редактор и основатель журнала «Санкт-Петербургский Духовный Вестник», председатель Общества религиозно-нравственного просвещения в духе православной Церкви. В 1869–1872 годах обучался в Белозерском духовном училище. В августе 1872 года был переведен в Кирилловское духовное училища, после окончания которого обучался в Санкт-Петербургской духовной семинарии, затем – в Санкт-Петербургской духовной академии, которую закончил со степенью кандидат богословия. В 1885 году был рукоположен во диакона, а в 1898 году возведен в сан протоиерея. В 1913 году стал настоятелем Казанского собора. В 1017 году был одним из создателей «Союза церковного единения». Выступал против отмены преподавания в школах Закона Божия. Организовывал защиту святынь Александро-Невской лавры, которую большевики намеревались «реквизировать», выступив с инициативой совершить к ней крестные ходы от всех храмов столицы. 19 июля (1 августа) 1918 года отец Философ был арестован вместе с двумя сыновьями и вскоре расстрелян. В 2000 году юбилейным Архиерейским Собором Философ Николаевич, Николай и Борис Орнатские причислены к лику святых новомучеников и исповедников российских. Память их церковь совершает 13 июня.

Епископ Ириней (в миру Иван Иванович Боголюбов) (1804–1860) – епископ Екатеринбургский, викарий Пермской епархии. Обучался в Белозерском духовном училище, затем обучался в Новгородской духовной семинарии. В 1827 году рукоположен во священника. В 1851 году назначен настоятелем Валдайского Иверского монастыря и членом Новгородской консистории, в 1853 году – наместником Александро-Невской лавры. В 1860 году хиротонисан во епископа Екатеринбургского, викария Пермской епархии.

Александр Александрович Бронзов (1858–1936/1937) – русский православный богослов, церковный историк, публицист. Учился в Белозерском духовном училище, в Новгородской духовной семинарии. В 1883 году окончил Петербургскую духовную академию. В 1899 году защитил докторскую диссертацию. С 1894 года преподавал в Петербургской духовной академии, с 1897 года – экстраординарный профессор, с 1902 года – ординарный профессор.

После революции Белозерское духовное училище было закрыто и в его здании разместилась школа. Здесь учился знаменитый поэт-фронтовик лауреат Государственной премии РСФСР им. М.Горького Сергей Сергеевич Орлов, в честь него на здании установлена мемориальная доска.

Позднее здание стало использоваться Белозерским педагогическим училищем. Ныне здесь размещается БОУ СПО ВО «Белозерский индустриально-педагогический колледж им. А.А.Желобовского».

Решением исполнительного комитета Вологодского областного совета народных депутатов № 339 от 02.06.1978 г. здание принято на государственную охрану как памятник истории и культуры местного значения, что соответствует современному статусу – объект культурного наследия регионального значения.