Храм был возведен в 1810 году к востоку от древнего городища в центре небольшой площади. Западной стороной он обращен к улице III Интернационала.

Существует предание, согласно которому на его месте ранее стояла деревянная семипристольная церковь. После ее разрушения построили две каменные – Троицкую, которая «неизвестно когда и почему уничтожилась», и простоявшую вплоть до начала XIX века Ивановскую, на месте которой на средства прихожанина купца Горина, попавшего в шторм и давшего обет о возведении новой церкви, и был создан храм во имя Иоанна Предтечи, иногда называемый Троицким.

Близость архитектуры храма к ряду построек архитектора В.И. Баженова позволяет предположить, что автором памятника мог быть сам Василий Иванович или его ученики. Ясность в этот вопрос внесла участница вторых Кирилло-Новоезерских чтений Н.И. Королёва. В работе, посвященной истории храма Иоанна Предтечи, она пишет, что Иван Горин был хорошо знаком с московской купеческой семьей Долговых, из которой происходила жена В.И. Баженова. Знаменитый архитектор выстроил целый ряд зданий для своего тестя и его брата Афанасия Долгова (на 1-й Мещанской (ныне проспект Мира, д. 18), Большой Ордынке, д.21).

Исследовательница указывает, что в 1951 году И.Э. Грабарь опубликовал план неизвестного храма из альбома XVIII века и приписал чертеж именно В.И. Баженову. В 1975 году бригада архитекторов ВПНРК сделала схематический обмер памятника. Полученные данные совпали с этим чертежом.

Искусствовед В.Выголов отмечал: «Проведенные нами исследования материалов и обнаруженные чертежи позволяют считать автором проекта храма – архитектора Василия Баженова. В одном из альбомов, хранящихся в научно-исследовательском музее русской архитектуры имени Щусева в Москве, находится план фасада и разрез неизвестного храма. Эти графические изображения почти полностью идентичны храму, построенному в Белозерске».

В. Выголов датировал чертежи церкви Иоанна Предтечи временем до первой половины–середины 90-х годов XVIII века. Проект, очевидно, был создан зодчим еще до отъезда в Санкт-Петербург в 1792 г., когда уволенный Екатериной II с государственной службы после царицынского строительства, он бедствовал и 18 февраля 1790 г. подал прошение о работе в Управу благочиния Москвы. Возможно, таким образом заказчик и нашелся. Значит, проект храма можно отнести к «московскому» периоду Баженова.

Н.И. Королёва приводит и интересную легенду о ходе строительства храма: «…когда храм был почти закончен и планировалось строительство колокольни, Горин взял большой денежный заем, купил на эти деньги зерно, загрузил на корабли, и караван отправился в путь по реке Шексне и Белому озеру. Когда корабли, нагруженные зерном, плыли по Белому озеру, разыгрался сильный шторм, и все они затонули. Горин разорился и умер в нищете. Ни о какой каменной колокольне при храме и речи уже не шло, но скромную деревянную все же поставили. Правда, до наших дней она не сохранилась». Кладка со штрабой на западной стене трапезной также свидетельствует о том, что возведение колокольни планировалось, но так и не было осуществлено.

В XX веке для приспособления здания под мастерские во всех объемах, кроме трапезной, были подшиты плоские потолки, а интерьер сделан в два этажа.

Во второй половине XX века в здании располагались кабинеты для практических занятий Белозерского СПТУ. Центральная ротонда храма была перекрыта деревянным куполом, опирающимся на деревянные консольные, врезанные в толщу стены конструкции. В северном приделе можно было наблюдать фрагменты орнаментальной росписи гризалью на сводах в очень плохом состоянии.

В 1992 году по заказу областного управления культуры специалисты Московского института «Спецпроект–реставрация» подготовили документы по реставрации храма, провели предварительные исследования грунта, конструкций, осуществили исторические обмеры памятника, определили сроки проведения работ. Храм должен был вырасти на 22 метра («Именно настолько он уменьшился в результате разрушений и переделок», – сообщила главный хранитель музея Т.В. Богомолова).

В 1995 году все работы по реконструкции храма планировалось завершить, но сложная экономическая ситуация в стране, к сожалению, помешала этому.

Дореволюционные священнослужители прихода церкви Иоанна Предтечи:

с 17.01.1738-1763 – священник Фёдор Иванов

с 1757-1763 – дьячок Иван Фёдоров

с 1759-1763 – пономарь Иосиф Фёдоров