В начале XVI в. на месте Богословской церкви был Борисоглебский монастырь. По всей вероятности, в 1539 г. вместе с Усольем он был разорен казанскими татарами. Во второй половине XVI в. бывшая монастырская церковь была возобновлена и находилась во владении Василия Остолопа.
В 1579 г. священник церкви монастыря Василий Остолоп, монастырскую и все прикупленные им земли передал в собственность в Свято-Троицкую Сергиеву лавру. В 1579–1620 гг. церкви были вновь построены или значительно перестроены. Известно, что к 1620 г. на этом месте находился погост: «На реке, на Ковде храм теплый Иоанна Богослова, а другой храм холодный Бориса и Глеба; двор попа Деонисия; пашни по две чети в каждом поле». В окладной книге монастырей и церквей Великоустюжской епархии за 1755 г. Богословская церковь записана уже в числе городских церквей. Тёплая Борисоглебская церковь числилась при «убогом доме» – так в старину называли общую могилу, в которую в течение года помещали всех умерших неестественной смертью, а потом уже зарывали. Такие «убогие дома» в России устраивались в основном в пригородах до 1771 г. Название «убогий дом» означало иногда просто кладбище.
В конце XVIII в. на месте деревянных церквей была построена каменная. Теплый храм с двумя приделами – Иоанна Богослова и Борисоглебским возводился в 1777–1778 гг., а холодный Покровский придел был закончен в 1785 г. и освящён в честь Покрова Пресвятыя Богородицы. В 80-х годах XVIII в. Богословская церковь числилась городской бесприходной кладбищенской. Здесь постоянно совершались заупокойные службы. Священнослужители обязаны были совершать по требованию родственников литии и панихиды о тех, кто похоронен на кладбище.
С 1816 г. указом Священного Синода Богословская кладбищенская церковь была приписана к тотемскому Богоявленскому собору. В 1848 г. церковь, вследствие обветшания, была обновлена на средства владельца солеваренного завода М.И.Кокорева. Теплый храм с приделами Иоанна Богослова и Борисоглебским был освящён в 1849 г., а холодный Покровский придел – в 1858 г. Ценными реликвиями Иоанно-Богословской церкви являлись несколько старинных икон и старый синодик Богословской церкви, в котором записан род Строгановых.
В 1930-е гг. Церковь Иоанна Богослова, а затем и кладбище были уничтожены.
