На территории посада (в момент его основания возле новопостроенного города Тотьмы) на месте современного Предтеченского храма была поставлена деревянная Ильинская церковь, которую перевезли сюда из старого посада Стефан и Андрей Саблины, поэтому и местность около церкви позднее называлась «Саблиным концом».
Во время нашествия татар в 1539 г. посад вокруг города был сожжен. Сгорела и Ильинская церковь. Позднее на месте Ильинской церкви была поставлена Иоанно-Предтеченская церковь, а сам приход стал называться Предтеченским. Так, в дозорной книге 1620 г. говорится только об одной Предтеченской церкви: «…в Саблином конце … храм Рождество Ивана Предтечи древянной; верх шатровый, а в нем Деисусы и Евангелье, и книги, и ризы, и колокола строение мирское».
В 1644–1645 гг. деревянная церковь Рождества Иоанна Предтечи пришла в негодность и рядом с ней была построена новая деревянная того же посвящения. Возле церкви находились кельи стариц-нищих и бобылей. В писцовых книгах 1676–1679 гг. в Саблином конце уже записаны: «церковь теплая деревянная клетцки, о две главы, Всемилостивого Спаса вход в Иеросалим, с трапезою, да в приделе св. пророка Ильи; другая церковь Рождество Иоанна Предтечи, древянная, о пяти главах, с папертью, да колокольня на четырех столбах, верх шатровой, а на колокольне 4 колоколы». Предтеченский приход стал называться Спасским.
В 1738 г. по церковной летописи рядом с деревянными церквами на средства секретаря Великоустюжской консистории Ивана Григорьева Фирсова были построены две каменные в одной связи церкви: теплая во имя пророка Ильи и холодная в честь Рождества Иоанна Предтечи. В 1740 г. эти церкви были освящены.
В 1743 г. во время городского пожара все деревянные церкви сгорели, а обе каменные сохранились. После пожара была произведена опись имущества уцелевших церквей, в 1768 г. – еще одна, более подробная, дающая возможность представить внутренний облик храмов. Судя по описям, алтарь и средняя часть Предтеченского храма были украшены настенной живописью: на алтарном своде – изображение Сошествия Святого Духа на апостолов; над горним местом – Знамение Пресвятой Богородицы; на южной стороне под окном – Нерукотворный Спас; между окнами – изображения святителей; на северной стороне, над жертвенником, – «Се Агнец Божий»; в средней части храма вверху, на своде восьмерика, – изображение Господа Саваофа; на четырех стенах между окнами второго яруса – праотцы; ниже – «Страсти Христовы», евангельские проповеди и притчи, избранные святые. В Предтеченском храме был резной золоченый пятиярусный иконостас. Клирос был круглой формы столярной работы, с изображением красками святых праотцев. В Ильинском приделе имелся высеребренный двухъярусный иконостас. Вместо пономарских дверей там была завеса из красной хлопчатобумажной ткани, которая упоминается и в описи церквей 1808 г.; в описи же 1831 г. сказано, что на северных пономарских вратах изображен Иоанн Предтеча в молении.
В описи послепожарного 1743 г. охарактеризованы и использовавшиеся церковные предметы: евхаристические сосуды были серебряными и оловянными, два венца «ради бракосочетающихся жестяные, писаны красками», четыре кадила – одно серебряное «новоманерное, о четырех цепях» и три медные старой формы, одна хоругвь, из четырех местных подсвечников один был «деревянный со слюдяным блюдцем», деревянная купель на ножках (известно, что в 1771 г. была приобретена медная купель).
По описи 1848 г. на церкви Иоанна Предтечи и на Ильинском храме – железные кресты, покрашенные кроном (желтой краской). Главы и крыши куполов были покрыты железом и выкрашены зеленой краской-медянкой. Клиросы столярной работы были выкрашены белой краской, а иконостас Ильинского храма столярной работы с вызолоченной резьбой – голубой.
Церковь Рождества Иоанна Предтечи в первый раз была освящена в 1740 г., во второй – в 1795 г. и в третий – в 1820 г. Придел пророка Илии в первый раз был освящен в 1740 г., во второй раз – в 1795 г.
После закрытия церкви в 1928 г. здание церкви использовалось для хозяйственных нужд, под склад. В настоящее время здесь находится магазин.
