По описанию 1654 г. при соборе были две стоящие рядом колокольни. От возведенной одновременно с храмом старейшей звонницы сохранился лишь ее восьмигранный первый ярус, примыкающий к северо­западному углу галереи. В нижнем ярусе колокольни в палатке до 1721 г. находился храм Трех святителей. На этой колокольне в первой половине XVII в. располагались часы с боем. Существующая вторая большая колокольня сооружена в середине XVII в. (ранее 1656 г.). Ее верхние ярусы (аркада звона и два венчающих восьмерика) в стиле нарышкинского барокко надстроены в начале XVIII в. В нижнем ярусе колокольни до середины XVIII в. находился храм Алексия, человека Божия. В описях конца XVII в. на малой колокольне значилось восемь колоколов «красного звону», а на большей – большой колокол «по прозвищу Протас, да два колокола благовестные, все три очапные», раскачиваемые во время звона с помощью рычага-очепа, со свободно висящим языком (Суворов, 1874, с.264–265).