Церковь входит в состав ансамбля Димитриевских церквей, состоящего из пятиглавого холодного храма с главным престолом во имя Димитрия Прилуцкого и теплого храма Успения Пресвятой Богородицы с колокольней. Участок левого берега реки Вологды, где располагается комплекс Димитриевских церквей, известен под именем «Наволок» – так издревле называли низменные прибрежные места, куда при разливах реки наносился ил. Отсюда – дополнение к названию церкви.

Теплая церковь была основана одновременно с холодной Димитриевской. Основание церкви на Наволоке описано в житии Димитрия Прилуцкого. Согласно преданию, Димитрий, оказавшись в конце XIV в. в Вологде, некоторое время жил в доме мастера кожевенных дел, а затем переселился в село Выпрягово, возле которого основал обитель (ныне Спасо-Прилуцкий монастырь). После смерти преподобного хозяин дома, где он останавливался, заложил в его память часовню. Когда же Димитрий был причислен к лику святых, на этом месте возвели деревянный храм.

 

Деревянный теплый храм сначала был освящен во имя святого князя Феодора и его чад Давида и Константина. В писцовой книге Вологды 1627/28 г. сказано: «Церковь преподобного Феодора и чад ево Давыда и Константина, Смоленских и Ярославских чюдотворцев, древяна клетцки с трапезою, а в церкви Божие милосердие образы, и свечи, и книги, и ризы, и на колокольнице колокола и всякое церковное строенье приходных людей» (см. список с писцовой книги города Вологды, сделанный в 1629 г., с.153).

 

Первоначально каменный теплый храм Успения Пресвятой Богородицы на Наволоке был построен в одной связи с храмом Димитрия Прилуцкого, у его северной стены, в 1710–1711 гг. или чуть позднее (Суворов, с.341). В 1750-х годах этот придел разобрали и на средства купца Афанасия Алексеевича Рыбникова (Суворов, с.341, 345) возвели отдельно стоящую теплую церковь: «...церковь каменная Всех святых, с приделом Феодора и чад его Давыда и Константина, Смоленских и Ярославских чудотворцев, зачата строить наместо деревянной в 1757-м, а окончена и освящена в 1759-м годех» (ВГИАХМЗ. Ф.2. Оп.1. Д.73. Л.121). В учетно-охранной документации на памятник истории и культуры церковь датирована 1750 г. – в этом году, возможно, было дано благословение на начало ее строительства.

 

В 1836 г. после капитального ремонта, осуществленного на средства купца А. И. Витушечникова, церковь была переосвящена. Как пишет Н.И.Суворов, переименованию главного престола теплого храма предшествовали тревожные события 1830–1831 гг., когда в  Вологде свирепствовала необычайно сильная эпидемия холеры. Отчаявшись найти спасение от болезни врачебными средствами, горожане решили обратиться с молитвой к Божией Матери и принести ее почитаемые чудотворными иконы: одну, Успения Богоматери, – из Семигородней пустыни и другую, именуемую «Семистрельной», – из пригородной Иоанно-Богословской церкви. Путь от Семигородней пустыни до Вологды протяженностью в 70 верст был преодолен пешком, а почитаемый образ несли на руках. Встреча иконы вологжанами произошла в версте от Прилук. Первыми ее приняли вологодский губернатор Н.П.Брусилов и архимандрит Спасо-Прилуцкого монастыря Евтихиан с братией. Здесь же, в монастыре, был отслужен и первый молебен. Принесение чудотворных икон, как считали современники тех событий, помогло значительно ослабить, а затем и прекратить эпидемию. В  память о чудесном избавлении от эпидемии городской голова купец А.О.Витушечников испросил через преосвященного Стефана, епископа Вологодского и Устюжского, у Святейшего Синода дозволение снять точные копии чудотворных икон Богородицы и разместить их в иконостасе теплого храма с переосвящением его в честь Успения Пресвятой Богородицы. С тех пор 21 июля ежегодно при церкви совершалось празднование в память о принесении святых икон и избавлении жителей Вологды от смертельной опасности (Суворов, с.345–346). Помимо главного, в церкви имелся престол во имя благоверного князя Феодора Смоленского и чад его Константина и Давида, Ярославских чудотворцев.

 

Церковь Успения Божией Матери была закрыта 6 марта 1930 г. Здание было передано военному ведомству, которое долгое время использовало его в качестве склада. Церковь возвращена верующим в 1999 г.