В XVII в. Вологда являлась важным торговым центром, уступая по числу дворов лишь Москве и Ярославлю. Для удобства купцы, в том числе иностранные, приобретали дворы в Вологде, стремились расположить свои владения поближе к пристани. Так в конце XVII в. поступил и голландский купец Иоганн Гоутман. Известно, что с 1654 г. он был голландским консулом по торговым делам в России. В 1702 г. Гутман получил царскую грамоту, дававшую право на беспошлинную торговлю. Именно в этом доме, согласно преданию, в 1724 г. останавливался император Петр I с супругой в одно из своих посещений Вологды. По этой версии на дом, некогда принадлежавший вдове И. Гоутмана Екатерине, долгое время никто не обращал внимания, и он использовался как склад. О доме вспомнили только в 1824 г. перед посещением Вологды императором Александром I. К этому времени, видимо, и относится обнаружение знаменитой чугунной доски, вмонтированной в одну из стен здания. На доске имеется герб (поднятая рука с секирой) и дата «1704», а также надпись «H. R. S.», которая, по одной из версий, расшифровывается как «Голландские Республиканские Штаты», а по другой может трактоваться как зашифрованный девиз родового герба.

В ходе изучения в Государственном архиве Вологодской области документов о переходах участка с домом от одного владельца к другому (до Витушечниковых, продавших дом земству, в XIX в. он успел побывать еще как минимум у четырех владельцев: купца Самодурова, священника Морозова, мещанки Поповой, купца Свешникова) выяснилось интересное обстоятельство. В купчей, зафиксировавшей переход собственности от мещанки Натальи Поповой-Чухиной к священнику церкви Феодора Стратилата Андрею Морозову, указано, что Наталье дом, у которого «половина каменного, а другая деревянного строения», достался по купчей от Петра Васильевича Свешникова. Причем, последний выстроил его по выданным Вологодским губернским правлением плану и фасаду на крепостной земле, купленной у вологодского купца Степана Митрополова ранее 1819 г. Получается, что согласно этим данным строительство дома может быть отнесено не к XVII, а к началу XIX века! Однако этому противоречит тот факт, что каменное строение около церкви Феодора Стратилата отмечено на планах Вологды конца XVIII в., в том числе оно, по всей видимости, присутствовует и на конфирмованном плане 1781 г. Возможно, что П.В. Свешников при строительстве дома использовал какие-то руины, уже не расценивавшиеся как постройка, сохранявшиеся на участке со времени пожара 1773 г. Известно, что Новинки сильно пострадали от этого бедствия, огнем практически было уничтожено и находившееся неподалеку от дома с чугунной доской здание Вологодской провинциальной канцелярии. Во время переходов от владельца к владельцу здание утратило свой статус жилого строения и превратилось в складское помещение. Из купчей 1873 г. выясняется, что Витушечникова за 4000 рублей продала земству только нижний каменный этаж своего двухэтажного дома и небольшой участок земли от дома до улицы. Первоначально предполагалось, что здесь будет устроен приют для инвалидов.

После реставрации в доме был открыт первый в Вологодской губернии музей, в котором было около 500 экспонатов. На торжественном открытии музея, состоявшемся 5 июня 1885 г., присутствовал великий князь Владимир Александрович. В сквере возле домика была установлена старинная пушка. Рядом находилась медная доска с краткой историей домика.

На всех известных фотографиях дом уже одноэтажный. На одном из ранних снимков дома, опубликованных в книге Г.К. Лукомского «Вологда в ее старине», в убранстве фасадов отсутствуют декоративные детали, свойственные русским светским зданиям XVII века.

Приведенные факты подвергают сомнению устоявшееся предположение, что именно в этом доме Катерина Гоутман могла принимать императорскую чету.

В 1960 г. согласно постановлению Совета Министров РСФСР Петровский домик под названием «Дом Петра Первого, XVII в.» (Советский проспект, 29) включен в список памятников архитектуры, подлежащих охране как памятники государственного значения.