Впервые Покровская церковь упоминается в источниках начала XVII в. В окладной книге 1618 г. записано: «Церковь Покров Святей Богородици в Козлёне: храм сожгли литовские и воровские люди в Вологодский розгром», то есть в 1612 г. (Суворов, с.5). К 1626 г. церковь (точнее, только один из двух храмов Покровского прихода) восстановили, о чём свидетельствует писцовая книга Вологды 1627/28 г.: «Церковь Покрова Пресв[ятой] Бого­родицы древяна клецки, а в церкви Божие милосердие образы, и книги, и ризы и на колокольнице колокола и всякое церковное строенье приходных людей. М[есто] церковное, что была церковь Иакима и Анны, сгорела в разоренье, а земли под церковью и около церкви и с церковным местом в дл[ину] 30 с[ажень], попер[ег] 28 с[ажень], а у церкви служит поп Филип Матвеев, да дьячек Сенка Иванов, да пономарь Степанко Михайлов» (см. список с писцовой книги города Вологды, сделанный в 1629 г., с.126).

 

По названию слободы, где была возведена, церковь стала именоваться «на Козлёне». Откуда пошло и что означает это название, неизвестно. «Возможно, что это слово является чисто русским по своему происхождению, но может быть и финского происхождения. В местности около Кубенского озера есть речка Козлёна, в других местах есть речки с названием Козланга. Слово "Козлёна" может быть испорченным словом "Козланга". Может быть, такое название и носила в старину та речка, впадение которой в р. Вологду немного ниже Кирилловской церкви», – высказывал свои соображения краевед Н.В.Фалин. Если исходить из финно-угорского происхождения названия, то можно выдвинуть и иную версию. В коми-зырянском языке, который, как известно, относится к пермской группе финно-угорских языков, слова «коз, козъя, козъяин» означают ель, еловый, ельник.

 

Козлёна к середине XVII в. была достаточно плотно заселена. Около церкви была архиепископская земля, на которой жили архиепископские бобыли и среди прочих прядильщики. Вдоль улицы, которая стала формироваться в слободе, стояли дворы посадских людей – преимущественно каменщиков и кирпичников, из чего Н.В.Фалин заключил, что «своим ростом Козлёна обязана началу производства в Вологде работ, связанных с кладкою каменных стен и с основанием крепости». От слободы получили название пересекающиеся Большая Козлёнская (ныне Козлёнская) и Малая Козлёнская (ныне Первомайская) улицы.

 

Деревянное здание церкви к середине XVII в. обветшало, в связи с чем в 1678 г. поп Иван Иванов и прихожане обратились к архиепископу Вологодскому и Белозерскому Симону с челобитной: «…церковь-де у них Покрова Пресвятые Богородицы ветха и служить-де в ней нелзе, и чтоб …их пожаловать благословить и велеть воздвигнуть вновь храм…» (Суворов, с.9). По благословению архиепископа в 1682 г. было возведено новое деревянное здание Покровской церкви. Однако вскоре, в 1704 г., тревожимые частыми пожарами вологжане обратились к архиепископу Гавриилу с просьбой разрешить строительство каменной холодной церкви в честь иконы Пресвятой Богородицы «Неопалимая Купина», на защиту которой надеялись как на «прекрепкую стену и забрало» (Суворов, 1872, с.11). 8 июня 1710 г. новая церковь, «что создана вновь нашим градцким общим из земской избы и особливым коегождо даянием», построенная рядом с деревянным храмом, была освящена. В том же году вологжане составили в земской избе всеградский общественный приговор, в котором написали, что создали церковь, «дабы град сей, и все в нем обитающие людие, и домы их, и всякие здание хранимы были от всяких наветов и зол, наипаче же от внезапного грех ради бывающего огненного запаления, и от зельного вод и ветров стремления, и от разбиения всяких сплавных судов, и полагаемых в них всяких вещей от истопления, и от всяких бедств». По приговору вологжане обещали в лампады к двум находящимся в церкви иконам «Покров Божией Матери» и «Неопалимая Купина» ежегодно и всегда впредь «масло деревянное [т. е. оливковое] давать, покупая мирскими нашими деньгами из земской избы из мирского ларца». Видимо, с таким всеградским статусом храма был связан и обычай ежегодно вечером накануне 16 августа совершать для всех собирающихся из разных приходов водосвятный молебен перед древним образом Спаса Нерукотворного, находившимся снаружи на стене алтаря холодной Покровской церкви. В старину вологодские купцы всегда совершали молебствие перед этой иконой, «отправляя весной свои товары на судах к г.Архангельску и вообще отправляясь в путь по торговым делам» (Суворов, 1876, с.397). С образом «Неопалимая Купина» связано такое предание: во время одного из визитов Петра I в Вологду он обратил внимание на работу ремесленников-канатчиков из Козлёнской слободы, которые при встрече поднесли царю образ «Неопалимая Купина». Он дар принял, но оставил его в храме на хранение. Пётр I, действительно, знал о существовании вологодских канатчиков – известно распоряжение, отданное им 15 января 1718 г. Архангелогородскому вице-губернатору Лодыженскому: «сыскать на Вологде и других городах» и отправить «года на два» в Санкт-Петербург в Адмиралтейство 150 прядильщиков для изготовления канатов.