Церковь во имя преподобного Варлаама Хутынского прежде входила в состав ансамбля Ильинского монастыря и первоначально была деревянной. В сентябре 1612 г. во время Вологодского разорения она была сожжена. Благодаря стараниям посадского человека Кондратия Акишева теплую церковь в Ильинском монастыре вскоре восстановили. По желанию Акишева и благословению архиепископа Нектария ее освятили в честь Преполовения Господня. Однако в 1619 г. игумену Ильинского монастыря Серапиону пришла от Патриарха Филарета грамота, по которой было велено «тот храм сызнова святить во имя преподобного Варлаама, Новгородскаго Хутанскаго чюдотворца». Объяснялось это тем, что «Нектарий архиепископ благословил тот храм святить во имя Преполовения мимо правил св. Апостол и св. Отец; … да и для того, что-де и сам Нектарий архиепископ в отлучении великих духовных делех [Нектарий в 1616 году был лишен архиерейского сана и находился в заточении в Кирилло-Белозерском монастыре]» (Суворов, с. 316). В 1621 г. Патриарх Филарет после расследования вновь благословил Нектария «святительская вся действовати» и даже вернул его на Вологодскую кафедру, но в отношении переосвящения вологодской церкви патриаршее решение осталось прежним.

 

В писцовой книге Вологды 1627 г. (Список с писцовой книги города Вологды, сделанный в 1629 г.) фигурирует «церковь теплая преподобного Варлаама, Новгороцкого чюдотворца, с трапезою, древяна клетцки». Недалеко от нее находилась монастырская колокольня: «...рубленная круглая о осьми стенах, на колокольнице пять колоколов, один благовестной, два средних, два невелики зазвонные».

 

Когда было возведено первое каменное здание церкви Варлаама Хутынского, точно не известно. В 1760 г. в рапорте протоиерея Иоанно-Предтеченской церкви Стефан Иоаннов отмечается: «…а когда оная церковь зачата строить и окончана и освящена, о том за много прошедшему временем грамоты и знательство не отыскалося». Тем не менее о времени возведения первого каменного храма можно высказать ряд предположений. По свидетельству священника П.Щукина еще в 1849 г. с южной стороны Ильинской церкви стоял белокаменный крест с надписью на обеих сторонах о том, что поставлен он в 1645 г. строителем Кононом Акишевым на месте сгоревшей во время Вологодского разорения теплой церкви «во имя преподобного Варлаама, Новгородского чудотворца». Установка такого креста на месте некогда существовавшего храма имела смысл, если в это время в монастыре церкви, посвященной этому святому, не было. Об этом же может свидетельствовать и отсутствие упоминания в опубликованной Н.И.Суворовым грамоте царя Алексея Михайловича 1646 г. этого святого: четыре пожни отдаются в оброк «в дом святого Илии Пророка и преподобного Алексия, человека Божиего, в тот же Ильинский монастырь» (Суворов, с. 323). Считается, что престол во имя Алексия, человека Божия, был устроен в 1634 году в качестве придельного к холодному храму (Щукин, № 25, с. 241). Как бы то ни было, в переписной книге Вологды 1678 г. в Ильинском монастыре уже значится каменная церковь во имя Варлаама, Новгородского чудотворца.

 

В 1780 г. на средства богатого прихожанина – вологодского купца Афанасия Ивановича Узденникова – на месте этого «небольшого и низменного» храма была выстроена новая каменная церковь (Щукин, № 26, с. 252). «С большим вероятием можно предположить, – писал Г.К.Лукомский в начале XX в., – что эту церковь если не строил, то проектировал незаурядный столичный архитектор… Едва ли заурядному архитектору доступны такие красивые и сильные детали, свидетельствующие о большом вкусе, воображении и умении проявить свои способности». В 1907 году церковь была расписана.

 

24 февраля 1930 г. церковь Варлаама Хутынского была закрыта. Некоторое время здание использовалось как складское помещение.