Эта небольшая каменная часовня была возведена в деревне Григорьевское, которая в 1941 г. вошла в состав города Вологды. Некогда через деревню проходил Кирилловский тракт (ныне улица Клубова). В придорожной часовне молились жители деревни и проезжие. По праздникам в часовню совершались крестные ходы из Покровской Слободской церкви, к приходу которой относилось Григорьевское.
Часовня Александра Невского в конце 1920‑х гг. была закрыта, лишена главки с крестом, в ней разместили хранилище удобрений. В начале 1950‑х гг. в здании существовал приемный пункт кожевенного и пушного сырья. Затем она долгое время использовалась под склад дорожных знаков. В конце XX в. здание пустовало, а в 1998 г. часовня была возвращена верующим и приписана к вологодской церкви Александра Невского. На пожертвования вологжан по проекту архитектора Р.Д.Каменщикова была осуществлена реставрация здания часовни. В настоящее время здесь регулярно проводятся молебны.