В писцовой книге Вологды 1627/28 г. на месте Георгиевской церкви с сентября 1612 г. значится пепелище: «Место церковное, что была церковь великомученика Георгия, в длину 48 сажен, поперег 49 сажен, а церковь сгорела в вологоцкое разоренье». В этом же источнике существующим числится другой храм этого прихода – «церковь Афанасия и Кирилла Александрийских чудотворцев древяна клецки, а в церквах Божие милосердие образы, и книги, и ризы и на колокольнице колокола и всякое церковное строенье приходных людей, а земли под церковью и около церкви в длину 12 сажен, поперег тож, у церкви служит поп Иван» (см. список с писцовой книги города Вологды, сделанный в 1629 г., с. 150).

В переписной книге Вологды 1646 г. на этом месте уже значатся каменная «церковь Богоявления Господа Бога и Спаса нашего Исуса Христа каменная о трех верхах» (возможно, это и есть сохранившееся до наших дней здание – в этом случае в переписной книге речь шла о трех шатрах, которые могли располагаться на возвышенной части храма, имеющей необычную форму) и «церковь Страстотерпца Христова Георгия древяна об одиннатцати верхах на каменное дело» (речь идет о сложной деревянной постройке с 11 главками, построенной в подражание каменному храму). Согласно рапорту протоиерея Стефана Иоаннова 1760 г., строительство каменной церкви Богоявления с приделом во имя великомученика Георгия началось в 1655 г., а освящение храма произошло только через 22 года. В этом же документе сказано, что рядом с этим храмом в это время стояла «другая церковь каменная ж Одигитрия Пресвятыя Богородицы, с приделом Афонасия и Кирилла Александрийских чудотворцев, а когда оная церковь зачата строится, и окончена, и освящена, о том знательства никакова при той церкви не отыскано» (ВГИАХМЗ. Ф. 2. Оп. 1. Д. 73. Л. 121об.).

 

В Кирилло-Афанасиевский церкви было три престола: в честь святителей Афанасия и Кирилла, Патриархов Александрийских (главный); Богоявления (по этому престолу храм также называли Богоявленским); великомученика Димитрия Солунского.

 

В XIX в. Георгиевский приход стал малолюдным и обладал весьма скромными возможностями. В 1847 г. почетный гражданин города Вологды Николай Иванович Скулябин решил учредить на свои средства благотворительное заведение – Дом призрения бедных граждан, передав для него особняк, располагавшийся в приходе Георгиевской церкви (ныненабережная VI Армии, 63), и выделив для обеспечения его деятельности крупный капитал. Купец 1-й гильдии Скулябин сумел накопить солидное состояние. С 1817 г. он неоднократно занимал выборные должности гражданской службы Вологды, в том числе и пост городского головы. Торжественное открытие благотворительного учреждения 21 марта 1848 г. началось с крестного хода из Спасо-Всеградского собора к Георгиевской церкви, в приходе которой находилась богадельня. Обыденный образ Спасителя нес сам учредитель. В храме Георгия Победоносца преосвященным Евлампием, епископом Вологодским и Устюжским, в присутствии губернатора и именитых горожан была совершена божественная литургия. После этого было освящено здание богадельни. Завершением торжества стал праздничный обед.

 

В утвержденном 9 января 1848 г. императором Николаем I «Положении о Доме призрения бедных граждан в г. Вологде, учрежденном на средства вологодского купца Н.И.Скулябина» были такие пункты: «1. В губернском городе Вологде, в каменном доме, для сего вполне устроенном и жертвуемом почетным гражданином 1-й гильдии купцом Николаем Скулябиным, учреждается Дом призрения для престарелых граждан сего города, преимущественно из купеческого, мещанского и ремесленного сословий… 6. По смежности Дома призрения бедных с малоприходною Георгиевскою церковию оная с разрешения Святейшего Синода предоставляется в распоряжение сего богоугодного заведения, на каковой конец купец Скулябин на содержание этой церкви и на жалованье священнику с причтом предназначает проценты с жертвуемого им капитала в 8 тыс. руб. серебром» (ПСЗРИ, 1849, № 21872). С этого времени до 1918 г. церкви Георгиевского прихода являлись домовыми церквями Дома призрения бедных граждан в городе Вологде, известного по имени учредителя как Скулябинская богадельня.

 

После закрытия в 1918 г. Скулябинской богадельни вновь был создан Георгиевский приход. 15 июня 1929 г. была закрыта Кирилло-Афанасиевская церковь. Ее здание лишилось завершения и убранства интерьеров и здесь разместилось производство столярной фабрики. 30 января 1930 г. под предлогом малочисленности прихода и его неспособности содержать церковное здание закрыли и Георгиевскую церковь. Несмотря на архитектурную и историческую ценность, в 1936 г. Георгиевская церковь была разобрана на кирпич. С 1940-х гг. в Кирилло-Афанасиевской церкви обосновалась мастерская артели «Венстул», производившая гнутую мебель.