Наиболее раннее упоминание о храма во имя Святителя Николая Чудотворца выявлено в писцовой книге Вологды 1627/28 г.: «За речкою за Золотухою да за речкою Содемкою в старой в Розсыльщичье слободе: церковь Николая Чудотворца, другая церковь Фрола и Лавра – обе древяны клецки, а в церквах Божие милосердие образы, и книги, и на колокольнице колокола и всякое церковное строенье – мирское, а земли под церквами и около церквей в дл[ину] 20 с[ажен], попер[ег] тож, а у церкви служит поп Матвей Иванов да пономарь Лучка Омельянов» (см. список с писцовой книги города Вологды, сделанный в 1629 г., с.127). Появление этой церкви, по всей видимости, связано с возникновением пригородной «Розсыльщичьей» слободы. По берегу речки Содемы некогда пролегала старая Московская дорога, выходившая далее на Пошехонский тракт. После переноса в середине XVI в. на новое место центра города переместился и выезд из Вологды на Москву, а старая Разсыльщичья слобода осталась в стороне от нового пути.

По храму Флора и Лавра в первой половины XVII в. приход именовался Фроловским (от русского имени Фрол, производного от латинского имени Флор). В 1640-х гг., как считал историк-краевед Н.И.Суворов, один из храмов по причине ветхости был разобран, и с этого времени в окладных книгах вологодских архиепископов стал фигурировать Никольский храм в «Розсыльщичьей слободе». Название «на Глинках» закрепилось за церковью уже в XVIII в. Полагают, что оно связано с находившимися недалеко от нее глиняными отвалами, оставшимися от земляных работ времен царя Ивана Грозного, повелевшего, чтобы окружить строящуюся крепость рвом с водой, «копать Шограш и Содемку реку».

 

Согласно рапорту Стефана Иоаннова 1760 г. «церковь каменная Всех святых … зачата строить в 1656-м, а окончена и освящена в 1664-м году» (ВГИАХМЗ. Ф.2. Оп.1. Д.73. Л.120). В краеведческой литературе, в частности в статье И.Муромцева, строительство храма датируют 1676 г. на основании приписки на копии благословенной грамоты, хранившейся в ризнице церкви. Текст этой грамоты был помещен на стене в трапезной части храма: «Божией милостью смиренный преосвященный Маркелл, архиепископ Вологодский и Белозерский,… Розсыльщичьей слободы никольского попа Артемья да церковного старосту Архипа иконника и всех никольских прихожан пожаловал, благословил и велел им под церковное каменное строение подошвы крепить, рвы копать и сваи бить и бут бутить и церковь во имя Всех святых и … во имя Николы Чудотворца и св[ятых] муч[еников] Фрола и Лавра строить, и о том велел им дать сию благословенную грамоту».

 

В 1918 г. отца Симеона священником в церковь Николая Чудотворца на Глинках был назначен протоиерей Симеон Видякин (Семен Петрович Видякин, 1877–1937). Когда в 1922 г. во время голода в Поволжье власть развернула кампанию по изъятию из храмов «излишних» церковных ценностей, прихожане Никольской церкви собрали и добровольно передали около 3 кг серебра. Протоиерей Симеон неоднократно публично заявлял, что планируемое изъятие используемых при богослужении предметов кощунственно и является насилием со стороны власти. Он, как и многие, предлагал заменять изымаемое на добровольно собранные прихожанами драгоценности на ту же сумму или на продукты питания. Вологодский губернский ревтрибунал рассмотрел дело о «противодействии изъятию церковных ценностей и антисоветской агитации» и в апреле 1922 г. приговорил отца Симеона к двум годам принудительных работ и лишению избирательных прав, а трех других участников – к одному году без содержания под стражей. Освобожденный досрочно 30 марта 1923 г. отец Симеон 1 сентября был еще раз арестован и сослан решением Комиссии НКВД на 2 года в Печору. В 1925 г. вернувшегося из ссылки отца Симеона прихожане вновь приглашают к службе в Никольском храме. Последний раз отца Симеона арестовывают 30 июня 1937 г. по коллективному делу К.А.Богословского за «проведение контрреволюционной пораженческой агитации и распространение клеветнических измышлений против Соввласти». 2 октября его приговорили к расстрелу. Протоиерей Симеон Видякин был реабилитирован Вологодским областным судом 9 марта 1970 г. В настоящее время собираются документы о причислении отца Симеона к сонму новомучеников и исповедников Российских.

 

В конце 1929 г. Никольский храм закрыли под предлогом организации в здании Дома пионеров для детей железнодорожников. 9 февраля 1930 г. в ходе «субботника по снятию колоколов» со звонницы были сброшены колокола. Весной 1930 г. Никольскую Глинковскую церковь было рекомендовано разобрать на кирпич, но здание использовалось сначала в качестве места содержания высланных раскулаченных крестьян, потом как общежитие рабочих строящегося завода синтетического каучука, затем – командиров Красной Армии, прибывающих на кратковременные учебные сборы. В 1933 г. здание переоборудовали под баню. После войны в здании находился склад макулатуры, затем – мастерские и склад психиатрической больницы. На протяжении XX в. здание церкви обросло множеством пристроек, глава и колокольня были разобраны, входы на первый и второй этажи устроили через два растесанных окна, главный западный вход был заложен.