Указом Сената в 1772 г. было запрещено хоронить в пределах населенных пунктов. В связи с этим в 1775 г. в Вологде у начала дороги на Кирилло-Белозерский монастырь был отведен участок земли под новое кладбище. Местность эта называлась Горбатым полем, поэтому кладбище стали именовать Горбачёвским. Одновременно началось строительство каменной кладбищенской церкви. Старостой для наблюдения за постройкой был избран вологодский купец первой гильдии Фёдор Матвеевич Колесов. В 1777 г. были освящены два придела: во имя Феодора Стратилата и Димитрия Солунского. По всей видимости, они были теплыми. Холодная часть церкви, видимо, из-за недостатка средств строилась очень долго и была освящена лишь в 1790 г. во имя святого праведного Лазаря. Церковь имела каменную восьмигранную шатровую колокольню. Позднее к колокольне были пристроены каменные «палатки», которые стали усыпальницей рода купцов Колесовых.
Освещение в храме престолов во имя праведного Лазаря и Димитрия Солунского, по всей видимости, было связано с историей храмов, некогда стоявших вблизи места, где в конце XVIII в. была построена каменная кладбищенская Лазаревская церквь. Так, в списке с писцовой книги города Вологды, сделанном в 1629 г., в районе современного Горбачевского кладбища числится «место церковное, что была церковь Лазаря праведного, запустела издавна». А по сведениям, содержащимся в Переписной книге Вологды 1646 г., в середине XVII в. «в Лазаревском переулке» в районе часовни Белоризцев находилась «церковь великомученика Димитрия, Селунского чудотворца, древяна клетцки». На начало XVIII в. она уже именуется церковью «Димитрия Селунского у Убогих дому». «Убогих дом» – место, где хоронили «несчастно умерших» – самоубийц, утопленников и др., которых погребали в глубоких ямах с узким отверстием вверху, через которое опускали тела. К этим ямам раз в год совершался крестный ход от собора, после чего ямы засыпались и приготовлялись новые. В 1742–1744 гг. старую ветхую церковь Димитрия Солунского сменила новая деревянная (ВГИАХМЗ. Ф. 2. Оп. 1. Д. 73. Л. 121 об.).
Ближе к концу XIX в. священник о. Иоанн Анурьев начал хлопоты по постройке нового Лазаревского храма (отец Иоанн, при котором построено современное здание храма, стал одним из самых заметных представителей причта Лазаревской церкви – заняв место священника этой церкви в 1865 г., он служил до самой смерти в 1907 г. и был похоронен рядом с храмом). Проект церкви и въездных ворот был подготовлен в 1879 г. вологодским губернским архитектором В.Н.Шильдкнехтом. Разрешение на строительство получено в 1882 г. Весной 1883 г. разобрали старое здание и приступили к строительству нового. 31 мая 1887 г. новое здание Лазаревской церкви было освящено епископом Вологодским и Устюжским Израилем.
В начале XX в. храм был расписан. В советское время он был одним из немногих, где служба продолжалась почти до конца 1930-х годов, но по постановлению горсовета от 26 августа 1937 г. он был закрыт. С 1938 г. Лазаревская церковь некоторое время действовала как обновленческая, но затем вновь была закрыта. В здании разместилась сапожная мастерская. В 1945 году было удовлетворено ходатайство об открытии храма, и 21 октября он был освящен. С этого времени церковь постоянно оставалась действующей.
