Основание монастыря связано с иноческими подвигами и мученической кончиной преподобного Галактиона, Вологодского чудотворца. Согласно житию, преподобный Галактион (в миру Гавриил) был сыном князя Ивана Ивановича Бельского из знатного рода Гедиминовичей (заметим, что у Грозного, действительно, был боярин Бельский, но это был бездетный Иван Фёдорович). Сегодня исследователи предполагают, что Галактион происходил не из этого рода, а из менее знатных Бельских. Житие сообщает, что после смерти отца, погибшего в ходе борьбы боярских группировок за власть во времена Ивана Грозного, он скрылся в Старицу, затем оказался в Вологде, где проживал в Рассыльщичьей слободе в приходе Никольской Глинковской церкви. После смерти жены Гавриил постригся в монахи с именем Галактион и устроил себе землянку-келью на берегу речки Содемы, где, «живя затворником, подвизался в житии богоугодном, упражняясь в богомыслии, посте и молитвах», приковав себя цепью, аскетичной и праведной жизнью снискал уважение вологжан. Во время Вологодского разорения 1612 г. «польские и литовские люди, черкасы и русские воры», «скочивше в келлию его, яша преподобнаго и начаша его бити нещадно и за цепь влачити по земле, укоризны поношаху на него и мечи сечаху» (Савваитов, №1, с.6). Через три дня преподобный скончался от ран и был похоронен вологжанами в своей келье. В писцовой книге Вологды 1627/28 г. значится «пустынка, что жил старец Галахтион на реке на Содемке, а в ней часовня, а в часовне лежит [т.е. погребен] старец Галахтион, да 2 кельи, а в них живут 3 старца, а земли под нею в дл[ину] 60 с[ажен], попер[ег] 40 с[ажен]» (Список с писцовой книги города Вологды, сделанный в 1629 г., с.127).

 

Первая деревянная церковь в Галактионовой пустыни, освященная в честь Знамения Пречистой Богородицы (согласно житию преподобный призывал вологжан накануне нашествия возвести церковь именно такого посвящения), была возведена по благословению архиепископа Варлаама между 1627 и 1645 годами. Этот же архиепископ «повеле братство собрати» – и небольшая пустынька стала расти, превратившись в основательный мужской монастырь.

 

Последним настоятелем Свято-Духова монастыря был архимандрит Антоний (Быстров), причисленный к сонму новомучеников и исповедников Российских (в миру – Николай Михайлович Быстров, 1858–1931). С 1907 г. управлял Свято-Духовым монастырем. Здесь в 1910 г. его хиротонисали во епископа Вельского, викария Вологодской епархии. 14 марта 1919 г. владыка Антоний был арестован и обвинен в антисоветской агитации. 6 апреля его освободили из-под стражи, а 12 апреля 1919 г. дело было прекращено за отсутствием улик. В марте 1921 г. владыка был назначен управляющим Архангельской и Холмогорской епархией и переехал в Архангельск. В 1929 г. возведен в сан архиепископа и в качестве областного архиерея управлял епархиями Северного края (Архангельской, Вологодской, Северодвинской). Владыка Антоний активно занимался организацией помощи многочисленным высланным на Север и находящимся в заключении священнослужителям. Он трижды обвинялся в контрреволюционной деятельности, был выслан в 1922–1926 гг. в Нарымский край, вернулся в Архангельск, где арестовывался в 1926 и 1931 гг. (уже как «руководитель контрреволюционной организации духовенства»). Скончался 16 июля 1931 г. Постановлением Священного Синода архиепископ Антоний (Быстров) причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских.